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Prologue
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かつてこの世の全てを手に入れた伝説の海賊、ゴールド・ロジャーの息子、ポードガス・D・エースを巡る海軍本部VS白ひげ海賊団の頂上決戦。
エースの弟、ルフィもインペルダウンという地獄の牢獄から抜け出し、悪名高い囚人達と共に戦争の渦へと立ち向かって行く。
熾烈を極めるこの戦いは、白ひげとエースの死、並びに黒ひげ海賊団による脅威と四皇赤髪のシャンクスの乱入という衝撃の結末で幕を閉じた。
兄、エースを失い身も心も抉られるような傷を受けたルフィは七武海の一人、ボア・ハンコックの計らいにより彼女の島で休養を取る。
彼の手当てをした二億の賞金首、トラファルガー・ローはルフィの治療を施した後、麦わら帽子を意味深に見つめながら島を去った。
ルフィはジンベエにより、仲間の大切さを改めて実感し、同時に新世界では戦争の時のような強者がごまんといる事を見に染みた。
そこでレイリーの元で二年間修行をし、もう一度仲間と再会する場所、シャボンディ諸島に集結することを誓う。
そんな劇的な物語が語られる中、別の島ではもう一方、シャボンディ諸島で天竜人を怒らせた前代未聞の事件に関わったルーキーが新たな事件を起こしていた。